Disunatkan berdoa qunut pada shalat subuh, yakni pada waktu i’tidal rakaat kedua sesudah membaca zikir yang ratib (Rabbanaa lakal hamdu mil ussamaawaati wamil ul ardhi wamil umaasyi’ta min syai in ba’du ai ba’da humaa kal kursiyyi wal’arsyi) menurut kaul yang lebih masyhur. Yaitu pada lafaz min syai’in ba’du, dan akhir salat witir pada pertengahan menjelang akhir bulan ramadhan (malam tanggal 15 sampai akhir) sebab mengikuti sunnah Nabi saw. Dimakruhkan membaca doa qunut pada pertengahn bulan ramadhan yang pertama (tanggal1 sampai 15), sebagaimana pada salat sunat lainnya.
Disunatkan membaca doa qunut itu pada setiap shalat fardu yang lima waktu ketika i’tidal rakaat terakhir, walaupun bagi yang masbuq yang pernah berqunut nazilah karena imamnya, yaitu disebabkan adanya musibah yang menimpa kaum muslimin, walaupun bagi seseorang yang besar jasanya, umpamanya seorang alim atau pemberani (pemimpin) yang ditawan. Demikian itu sebab ittiba’ kepada Rasulullah saw.
Demikian pula (disunatkan berqunut) karena takut kepada musuh, musim kemarau yang lama, atau musibah wabah. Tidak disunatkan berqunut pada shalat sunat sekalipun pada shalat Id dan yang dinadzarkan.
Dari Anas r.a. sunnah Nabi Muhammad saw, “Sesungguhnya Rasulullah saw berqunut sebulan lamanya sesudah rukuk untuk mendoakan segolongan bangsa Arab (sahabatnya yang gugur), lalu beliau meninggalkan qunut itu.” (Riwayat Bukhari)
Dalam riwayat Ahmad dan Daruqutni ada tambahan sebagai berikut, “Pada salat subuh beliau tidak henti-hentinya berqunut sampai beliau wafat”.