Waktu shalat witir adalah seperti waktu tarawih, yaitu di antara shalat isya, walaupun sesudah shalat magrib bagi yang jamak takdim, hingga terbit fajar. Kalau sudah habis waktunya, tidak boleh mengqadhanya sebelum isya, sebagaimana sunat rawatib ba’diyah; berbeda dengan pendapat sebagian ulama yang membolehkan mengqadhanya. Kalau sudah jelas shalat isyanya batal sesudah mengerjakan shalat witir atau tarawih, maka shalat witir atau tarawih itu menjadi sunat mutlak.
Orang yang beranggapan akan bangun sebelum terbit fajar atau dibangunkan orang lain disunatkan mengakhirkan shalat witir. Tetapi tidak demikian halnya dengan shalat tarawih, mulai dari wal malam walaupun tanpa berjamaah dengan mengakhirkannya pada bulan rmadhan, berdasarkan hadis, “Jadikanlah akhir shalatmu pada malam hari dengan witir.” Sunat mengakhirkannya dari shalat malam yang dilakukan pada malam itu (misalnya sunat rawatib , tarawih atau tahajud).
Orang yang tidak beranggapan akan bangun pada malam hari (sebelum terbit fajar), sunat menyegerakan shalat witir sebelum tidur, dan tidak sunat mengulanginya. Kemudian (perlu diketahui) bahwa mengerjakan shalat witir sesudah tidur itu bisa mencakup shalat sunat tahajud. Apabila dikerjakan sebelum tidur, tidak mencakup shalat sunat tahajud, tetapi shalat witir saja.
Menurut pendapat yang lain, yang lebih utama adalah mengerjakan shalat witir sebelum tidur, lalu bangun setelah tidur untuk mengerjakan shalat tahajud, sebab Abu hurairah berkata, “Rasulullah saw telah menyuruhku agar mengerjakan shalat witir sebelum aku tidur.”